1890年（明治23年）
徳島インマヌエル教会佐古地区の信徒が伝道集会のため佐古に家を借りて集まりを始めました。主日の朝は母教会の礼拝に集まり、夕は借家で有志が集会を持っていました。はじめは定住の牧師はなく、母教会から手助けを受けていました。

1919年（大正8年）7月1日
准教会として認可され、「佐古准教会」として独立の礼拝を行うようになります。当時は教会委員が交互に礼拝を司式し伝道奨励に従事していました。

1926年（大正15年）
古本正夫伝道師が就任。

1928年（昭和3年）12月23日
現在の住所に牧師館が落成、同時に「佐古教会」に改称。

1941年（昭和16年）
「佐古基督教会」に改称。

1945年（昭和20年）
徳島インマヌエル教会が戦災にあい焼失。佐古基督教会は戦災をまぬがれ、インマヌエル教会との合同礼拝を始めます。

1955年（昭和30年）
徳島インマヌエル教会と佐古基督教会を分離し、「徳島聖テモテ教会」と改称。

1956年（昭和31年）6月26日
「宗教法人 日本聖公会徳島聖テモテ教会」として認証を受けました。

1979年（昭和54年）
教会建築50周年を迎えました。

1990年（平成2年）
宣教100周年を迎えました。教会建物を改築し現在の礼拝堂となります。